De Codekraker bestaat uit acht opeenvolgende oefenlagen met woordmateriaal. Deze oefenlagen sluiten nauw bij elkaar aan qua leesniveau. De moeilijkheidsgraad is afhankelijk van verschillende factoren:
- De gebruikte grafeemset.
- De woordstructuur.
- De ordening: woorden met onderlinge overlap worden gemakkelijker herkend dan woorden zonder overlap.
- Het woordtype: woorden die betekenis hebben worden vlotter herkend dan pseudowoorden.
- De gehanteerde werkvorm. Die kan variëren tussen twee uitersten: de 'woord-per-woord-aanpak' en de zuivere tempo-oefeningen. De eerste aanpak stelt de laagste eisen aan de leesvaardigheid omdat er geen enkele tijdsdruk uitgeoefend wordt en het kind feedback krijgt na (en eventueel tijdens) elk te lezen woord.

De gemakkelijkste oefenlaag (Laag 0) bestaat uit zinvolle woorden van het type MKM met een beperkte grafeemset en een maximale overlap.
Laag 1 is wat moeilijker omdat hier een volledige grafeemset gebruikt wordt.
In Laag 2 hebben de opeenvolgende woorden een minimale overlap.
Vanaf Laag 3 is er geen overlap meer tussen twee opeenvolgende woorden (tenzij toevallig) en worden ook reeksen met pseudowoorden geïntroduceerd. De woorden hebben nog steeds een MKM-structuur.
Laag 4 en Laag 5 en Laag 6 zijn reeksen met medeklinkerverbindingen.
Tweelettergrepige structuren worden geoefend in Laag 7.